理工学研究科は、協定校であるサティヤ・ワチャナ・キリスト教大学（インドネシア）とツイニング・プログラム（連携した二つの大学院から修士学位を得られる制度）実施の協定を結びました。関西学院大学とサ大との交流が始まってから30周年を迎える2007年、両校の連携は「高度な研究にもとづく人材育成」へと大きく飛躍します。

インドネシア政府は、優秀な人材に奨学金を支給し、ナノテクノロジー、バイオテクノロジー、情報工学など特定9分野に関する高度な学びの機会を提供する「PＩＩCプログラム」を展開しています。修士レベルではインドネシア全土で15大学を指定。サ大は私立大学では唯一指定され、約25人が「クロロフィルと天然色素」に関する研究を行っています。

関学−サ大のツイニング・プログラムでは、このPＩＩCプログラムにより、サ大で１年間学んで修士学位を取得した学生を、本学理工学研究科博士課程前期課程（修士課程）2年次へと編入させます。受け入れの期間は1年半、人数は各年3人程度。所定の課程を修めた学生には、関学大から学位「修士（国際自然科学）」を授与します。つまり、合計2年半でサ大と関学大双方の修士学位を取得できることになります。
初年度の2007年度は7月に編入学試験（書類審査）を実施。合格者が9月、神戸三田キャンパスにある理工学研究科にやってきます。

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