１．宮田 隆、藤 博幸、林田 秀宣
コンピュータによる逆転写酵素の探査
サイエンス ２月号、86-97 (1986).
２．宮田 隆、林田 秀宣、藤 博幸、菊野 玲子
相同性探査と分子進化
蛋白質核酸酵素 別冊 No.29, 44-53 (1986).
３．今村 詮、谷 誠治、藤 博幸
量子化学の生物学への応用
生物物理 28, 42-46 (1988).
4. 藤 博幸、横山 知永子、田邊 忠
シクロオキシゲナーゼの構造、機能及び進化
細胞工学 9, 349-356 (1990).
5. 藤 博幸、裏出 良博
アラキドン酸カスケードの分子進化
蛋白質核酸酵素 36, 1692-1702 (1991).
6. 藤 博幸、裏出 良博
配列データの比較解析と蛋白工学 - 脳型PGD合成酵素を例として -
In: 蛋白質立体構造の新しい視点 （森川耿右 編） 講談社サイエンティフィック, pp. 33 - 48 (1991) 講談社.
7. 藤 博幸
配列データ比較解析の蛋白工学への応用
蛋白質核酸酵素 臨時増刊 37, 580-591 (1992).
8. 田邊 忠、吉本 谷博、藤 博幸
シクロオキシゲナーゼ、リポキシゲナーゼの分子構造とその進化
蛋白質核酸酵素 37, 916-924 (1992).
9. 藤 博幸
相同配列比較による構造機能解析
CICSJ Bulletin 11, 22-24 (1993).
10. 藤井 豊、中井 昇、藤 博幸
アルド-ケトレダクターゼスーパーファミリー
生体の科学 46, 479-480 (1995).
11. 金井 理、須山 幹太、藤 博幸
ホモロジー検索と構造予測
細胞工学 別冊 タンパク実験プロトコール ２ 構造解析編, 166-188 (1997).
12. 藤 博幸、田辺 忠
COX-1およびCOX-2の立体構造について
現代医療 Vol.30 (増刊 I) レビュー：プロスタグランジンとその周辺VIII,
599-619 (1998).
13. 藤 博幸、田辺 忠
目で見るCOX-1, COX-2 - 立体構造と阻害の関わり -
シクロオキシゲナーゼ-2 (1999)
14. 藤 博幸、富井 健太郎、大安 裕美
データベース検索による蛋白質の機能/構造予測
日本血栓止血学会誌 10, 285-289 (1999).
15. 藤 博幸
真核生物のゲノム比較
蛋白質核酸酵素 45, 1849-1850 (2000)
16. 藤堂 剛、大安 裕美、藤 博幸
概日リズムにおけるクリプトクロームの機能
日本時間生物学会誌 6, 26-33 (2000).
17. 藤 博幸
バイオインフォマティクス
In: ゲノム創薬の新潮流 （野口監修、古谷編集）pp69-78
(2000) シーエムシー.
18. 藤 博幸
情報生物学とプロテオミクス
In: プロテオミクス （松原、榊監修、谷口、伊藤編集）pp184-196
(2000) 中山書店.
19. 藤 博幸
シクロオキシゲナーゼ (COX) 立体構造と活性中心の機能
In: プロスタグランジン研究の新展開 (室田、山本 編集）現代化学増刊 38
pp118-122 (2001) 東京化学同人
20. 藤 博幸、富井 健太郎
一次構造からの立体構造の予測
In: 基礎生化学実験法 第３巻 タンパク質 I. 検出・構造解析法
（日本生化学会編）pp260-267 (2001) 東京化学同人
21. 藤 博幸、堀本 勝久
発現情報からの遺伝子ネットワーク推測
In: 実験医学 増刊 ゲノム医科学と基礎からのバイオインフォマティクス
pp. 82-86 (2001).
22. 藤 博幸
蛋白質機能の分子進化
蛋白質核酸酵素 増刊 新世紀における蛋白質科学の進展、46, 1594-1601 (2001).
23. 藤 博幸
ゲノム情報による創薬ターゲット探索
現代化学 368, 20-23 (2001).
24. 藤 博幸
バイオインフォマティクス
ハイテクうらばなし ヒトゲノム解読 創薬研究の大転開
日刊工業新聞 10月16日 ７面 (2001).
25. 藤 博幸
プロテオーム・インフォマティクス
実験医学 20, 45-49 (2002).
26. 藤 博幸
ファーマコインフォマティクス
ファルマシア 38, 120-124 (2002).
27. 大安 裕美、藤 博幸
蛋白質複合体のインターフェース再構築による機能進化
蛋白質核酸酵素増刊 構造プロテオミクス, 47, 1083-1089 (2002).
28. 堀本 勝久、藤 博幸
大規模遺伝子発現情報のクラスタリングと遺伝子ネットワークの推定
生物物理 42, 110-115 (2002).
29. 市原 寿子、藤 博幸
Evolutionary Traceを利用して蛋白質の相互作用情報を読み取る
シリーズ あなたにも役立つバイオインフォマティクス II
蛋白質核酸酵素 47, 1863-1869（2002）
30. 藤 博幸、富井 健太郎
相同配列の比較解析による構造・機能情報の抽出
In: ポストシークエンスタンパク質実験法 １
全タンパク質の解析（大島泰郎・鈴木紘一・藤井義明・村松喬 編）
pp145-167 (2002) 東京化学同人.
31. 藤 博幸
相同アミノ酸配列比較による蛋白質の構造/機能情報の抽出
In: バイオインフォマティクスの実際 （村上康文・古谷利夫 編）
pp71-105 (2002) 講談社サイエンティフィク.
32. 藤 博幸、市原 寿子
ゲノム情報を利用したタンパク質ネットワークの再構築
In: 実験医学別冊 注目のプロテオミクスの全貌を知る
（磯辺俊明・高橋信弘 編）pp128 – 134 (2002) 羊土社.
33. 藤 博幸、富井 健太郎
相同性検索技術の基礎
In: バイオインフォマティクス（美宅成樹・榊佳之 編）
応用生命科学シリーズ ５, pp85-115 (2003) 東京化学同人.
34. 藤 博幸
バイオインフォマティクスと創薬
In: 次世代ゲノム創薬（日本薬学会編 編集代表 杉山雄一）
pp7 – 24 (2003) 中山書店.
35. 市原 寿子、藤 博幸
バイオインフォマティクス入門 要素と相互作用、個別と網羅の観点から
BioIT World 2, 49 – 63 (2003)
36. 藤 博幸
タンパク質機能解析のためのバイオインフォマティクス
(2004) 講談社 （単行本） （2004年度大川出版賞受賞）
37. 藤 博幸
相同配列の比較による構造/機能予測
(2004) 財団法人国際高等研究所 （単行本）
38. 藤 博幸
3.1 タンパク質の機能を予測する
3.2 ゲノムから何がわかるか
In: 生命の謎を解く – タンパク質研究からのアプローチ –
（関口睦夫・森川耿右 編）pp.75-98 (2004) 共立出版
39. 大安 裕美、藤 博幸
配列解析の実際
In:実験医学別冊 ゲノム研究実験ハンドブック
(辻本豪三、田中利男 編) pp.38-44 (2004) 羊土社.
40. 根本 航、藤 博幸
バイオインフォマティクス
日本薬理学雑誌 125, 159-164 (2005)
41. 根本 航、藤 博幸
クラスA GPCR複合体のインターフェイス予測
蛋白質核酸酵素 増刊号生体超分子 50, 1382-1387 (2005).
42. 岩部 直之、菅 裕、廣瀬 希、隈 啓一、藤 博幸
分子進化と比較ゲノム：立襟鞭毛虫の遺伝子から探る動物の多細胞化
ゲノムから読み解く生命システム – 比較ゲノムからのアプローチ 第六回
細胞工学 25, 80-86 (2006)
43. 富井 健太郎、藤 博幸
配列データベース検索の現在
情報処理 47, 205-232 (2006)
44. 藤 博幸
タンパク質の進化
In: シリーズ進化２ 遺伝子とゲノムの進化 （石川統・斉藤成也・佐藤矩行・長谷川眞理子 編）pp. 67-105 (2006) 岩波書店
45. 藤 博幸
バイオインフォマティクスとは何だろう
In: はじめのバイオインフォマティクス（藤博幸 編）pp.2-5 (2006) 講談社.
46. 佐藤 哲也、山西 芳裕、金久 實、藤 博幸
タンパク質間相互作用の共進化情報にもとづく予測
生物物理 47, 4 – 11 (2007).
47. 藤 博幸
微生物ゲノム•ポストゲノムデータベース
In: 戸田新細菌学 (改訂33版) （吉田眞一、柳雄介、吉開泰信 編）pp990-993 (2007) 南山堂.
48. 佐藤 哲也、金久 實、藤 博幸
計算による相互作用の予測
In: 分子間相互作用解析ハンドブック （磯辺俊明、中山敬一、伊藤隆司 編）pp.127-131 (2007) 羊土社.
49. 岩部直之、管 裕、廣瀬 希、隈 啓一、藤 博幸、岡田雅人
分子進化と比較ゲノム：立襟鞭毛虫の遺伝子から探る動物の多細胞化
In: 比較ゲノムから読み解く生命システム – 基本概念からゲノム情報まで –
（監修 藤山 秋佐夫）pp74 – 81 (2007) 秀潤社.
50. 由良 敬、塩生真史、藤 博幸
「構造バイオインフォマティクス」
蛋白質核酸酵素, 増刊号『融合発展する構造生物学とケミカルバイオロジーの最前線』, 54,1535-1541 (2009)
51. 藤 博幸
第3章 分子進化のパターン (分担)
第17章遺伝子発現調節の分子進化
In: 新しい分子進化学入門 (宮田隆 編) pp.30 – 40, pp. 175-184 (2010), 講談社
52. 藤 博幸
バイオインフォマティクスとは何か？
産総研TODAY 10, 5 (2010).
53. 藤 博幸
次世代技術と人材を生み出すバイオインフォマティクス拠点
産総研TODAY 13, 3 (2013)
54. 佐藤恵子、白木澤佳子、高木利久、藤博幸
我が国におけるバイオインフォマティクスを取り巻く現状
-人材に関するアンケート調査結果 –
情報管理 56, 783-789 (2014)
1. 分子進化学への統計的アプローチ - 計算分子進化学 -
Ziheng Yang著, 藤博幸、加藤和貴、大安裕美 訳 (2009) 共立出版
1. はじめてのバイオインフォマティクス
藤 博幸 (編) (2006), 講談社
2.タンパク質の立体構造入門――基礎から構造バイオインフォマティク
藤 博幸 (編) (2010), 講談社
3.よくわかるバイオインフォマティクス入門
藤 博幸 (編) (2018), 講談社
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