水溶媒に被われたリゾチーム分子 　　約16,000個の水分子に被われたタンパク質分子。個々の水分子はファン・デル・ワールス原子半径を持つ分子模型で表示されている。水分子を半透明に表示して内部のタンパク質が透視できる様にした。タンパク質はスティック模型で表示されている。白が水素、水色が炭素、青が窒素、赤が酸素、黄色が硫黄原子を表している。分子動力学計算ではこの状態で原子間ポテンシャルを設定して運動方程式を解く。