藤原伸介　「働き方改革」に騙されてはいけない.日本生物工学会誌　98/9, 504-508(2020)

Akasaka,N. and Fujiwara,S. The therapeutic and nutraceutical potential of agmatine, and its enhanced production using Aspergillus oryzae. Amino acids (Nature Springer)52, 181-197 (2020) (DOI:10.1007/s00726-019-02720-7)　

Yasukawa,K., Yanagihara,I., and Fujiwara,S. Alteration of enzymes and their application to nucleic acid amplification. Int.J.Mol.Med. (2020)

藤原伸介、石井友理、佐古田久雄、赤坂直紀 醸造酢におけるショウジョウバエ誘引物質　醸造協会誌Vol114/1, 18-26（2019)

赤坂直紀、藤原伸介　麹菌によるアグマチン高含有糖化液（甘酒）の開発　日本生物工学会誌　 97/4, 185-189 (2019)

Le Gao, 秀瀬涼太、藤原伸介　超好熱性アーキアの分子シャペロニンの機能は標的分子との静電相互作用で増強される　日本生物工学会誌　97/2, 79 (2019)

藤原伸介、藤原綾子、秀瀬涼太　耐熱性ヘリカーゼを利用した高精度核酸検出技術の開発　日本生物工学会誌　95/7, 383-387 (2017)

秀瀬涼太、藤原伸介　超好熱性アーキアThermococcus kodakarensis由来分岐鎖ポリアミン合成酵素の構造と機能　酵素工学ニュース　第75号, 31-36（2016）

藤原伸介　超好熱菌の低温ストレス応答　極限環境生物学会誌 14/2, 63-69 (2015)　

秀瀬涼太、藤原伸介　好熱菌の低温ストレス耐性　日本生物工学会誌　93/8, 464-467 (2015)

藤原伸介　超好熱性アーキアの低温誘導性遺伝子に見出された新しい調節配列．化学と生物　56/11, 714-715 (2014)

秀瀬涼太、今岡進、藤原伸介　耐熱性タンパク質を利用したビスフェノールAの吸着．ケミカルエンジニアリング　Vol59/4, 17-21（2014）

佐古田久雄、赤坂直紀、藤原伸介　酢酸菌の新たな利用法　醸造協会誌（2014）Vol.109/3,147-153

藤原伸介、高楽　生物工学会誌　好熱菌研究のいま：高温適応から低温適応へ　日本生物工学会誌Vol 90/11. 701-705（2012)

赤坂直紀、佐古田久雄、藤原伸介　酢酸菌Gluconacetobacter europaeus による分岐鎖アミノ酸の生産． 　日本生物工学会誌, 90/7 374-380（2012）

秀瀬涼太、藤原伸介.　高温において翻訳活性化作用を持つポリアミン．　バイオサイエンスとインダストリー, Vol70/3, 211-212 (2012)

藤原伸介　どうして核酸は変性するの？　生物工学会誌　Vol89/4, 200-203 (2011)

福田青郎, 藤原伸介．生命体と大気． Ｒｅ,　1月号(No.153)　10-14（2007）

東端啓貴, 藤原伸介．耐熱性酵素を利用したイソプレノイド化合物の合成．　 バイオサイエンスとインダストリー,　64/2　96-97　(2006)

Fujiwara,S. Extremophiles:　Developments of their special　functions and potential resources. J.Biol. Biosci. (Elsevier Science B.V., Amsterdam, The Netherlands), 94/6, 518-525 (2002)

藤原伸介、福崎英一郎.　特殊環境場での酵素反応 疎水環境、超臨界流体環境中での耐熱性酵素による反応　 現代化学　９月号　14-20. (2002)

藤原伸介. 熱処理による耐熱性タンパク質の構造成熟 化, バイオサイエンスとインダストリー, 58/3 (3月), 185-188. (2000)

藤原伸介, 高木昌宏, 今中忠行. 耐熱性タンパク質 と超好熱菌の利用., バイオインダストリー, 16/12 (12 月), 13-20. (1999)　

Fujiwara,S., Takagi,M., and Imanaka,T. Archaeon Pyrococcus kodakaraensis KOD1: application and evolution. Biotechnology Annual Rev. (Elsevier Science B.V., Amsterdam, The Netherlands), 4 (Jun.), 259-284. (1998)

藤原伸介.　超好熱菌のタンパク質の高次構造形成. 生物工学会誌, 76/6 (6月), 268-271. (1998)

藤原伸介.　耐熱性タンパク質は熱で成熟化. 生物工学 会誌, 76/2 (2月), 85. (1998)

藤原伸介.　超好熱菌の核酸は高温でも安定？生物工学 会誌, 75/6 (11月), 448. (1997)

今中忠行, 藤原伸介.　超好熱菌の耐熱性酵素.　油化 学会誌, 46/5 (5月), 525-533. (1997)

今中忠行, 藤原伸介.　超好熱菌シャペロニンの in vivo 及び in vitro での効果.　化学と生物, 34/11 (11月), 707-709. (1996)

今中忠行, 藤原伸介.　超好熱菌と耐熱性酵素.　応用 酵素協会誌, 31 (6月), 1-8. (1996)

今中忠行, 藤原伸介.　特殊環境下の微生物とその応用 .　化学工学 60/11 (5月), 822-824. (1996)