著書
2017年
Hidese,R., Fukuda,W., Niitsu,M., and Fujiwara, S.
Identification of branched-chain polyamines in hyperthermophiles.
In Ruben Alcazar and Antonio Tiburcio (ed.) Polyamines: Methods and Protocols, Methods in Molecular Biology, vol. 1694:81-94
( Springer Co.Ltd., New York)(2017) (DOI 10.1007/978-1-4939-7398-9_8)
2014年
Gao,L. and Fujiwara,S.
Functional distribution of archaeal chaperonins.
In Santosh Kumar, Shekhar Mande Prokaryotic Chaperonins
(Springer Co.Ltd., New York)(2017) (2017/8/30 released, p113-128)
藤原伸介 微生物のポリアミン 石野良純、跡見晴幸編 アーキアの生物学（共立出版）（2017）
Fujiwara,S., Hidese, R., Inoue,T., and Fukuda,
W. Protein synthesis and polyamines in thermophiles: Effect of polyamines on nucleic acid maintenance and gene expression.
In T. Kusano and H.Suzuki (ed.), Polyamines, a universal molecular nexus for growth, survival and specialised metabolism
(Springer Co.Ltd., New York)(2014)
2012年
Fukuda, W., Hidese, R., and Fujiwara,S.
Long-chain and branched polyamines in thermophilic microbes.
In T. Kusano and H.Suzuki (ed.), Polyamines, a universal molecular nexus for growth, survival and specialised metabolism
(Springer Co.Ltd., New York)(2014)
松田祐介、田中克典、東端啓貴、福田青郎、関由行、藤原伸介．遺伝子工学の原理 三共出版 (2012)
2008年
岸本通雅, 堀内淳一, 藤原伸介. 新生物化学工学, 三共出版 (2008(1月))
2006年
藤原伸介 実験化学講座（第５版）第29巻 バイオテクノロジーの基本技術 DNAの電気泳動
丸善 (2006)
2005年
藤原伸介, 福居俊明. 始原菌. 塩谷捨明監修
生物工学ハンドブック コロナ社 (2005)
2002年
藤原伸介. 新規微生物・遺伝子資源の探索. 今中忠行
監修 微生物利用の大展開 p262-267
エヌティーエス
（2002(7月)）
1999年
藤原伸介. 好熱性微生物. 今中忠行監修
微生物利用の大展開 p122-129 エヌティーエス
（
2002（7月））
藤原伸介. 始原菌（archaea）. 今中忠行監修
微生物利用の大展開 p35-45 エヌティーエス
（
2002(7月)）
Takagi,M., Tanaka,T.,Fujiwara,S., and Imanaka,
T. Studies on a thermostable chitinase from
hyperthermophilic archaea Pyrococcus kodakaraensis
KOD1. p.683-694. In K. Ohmiya et al. (ed.),
Genetics, Biochemistry and Ecology of Cellulose
Degradation. (UNI Publishers Co. Ltd., Tokyo)
(1999 (Mar.))
1995年
藤原伸介, 今中忠行. 極限環境で活躍する微生物たち
. 児玉徹, 大竹久夫, 矢木修身編 地球をまもる小さな
生き物たち：極限環境とバイオレメディエーション.
p89-96 技報堂出版. (1995 (6月))