アミノ酸配列及び塩基配列のデータベースには、お互いを区別するためにそれぞれに固有の番号が付けられておりその番号をさす。アクセッションナンバーから欲しい情報を得ることも可能である。
遺伝子配列の注釈、または注釈付けのことをいう。生物学情報データベースや様々な機能予測プログラム、過去の文献情報などを用いて、遺伝子の機能を予測すること、あるいは予測された機能情報をさす。
大量のアノテーションを効率よく行えるように、多くのアプリケーションが開発されている。また用語の分類や整理を目指すオントロジーと呼ばれる研究も近年盛んである。
ペプチド (タンパク質) のアミノ酸の並びをNH2末端側から表示したもの。タンパク質の一次構造ともいう。
複数の配列の中から共通部分を抽出し、お互いを整列する作業をさす。バイオインフォマティックスでは複数の塩基配列やアミノ酸配列をお互いに比較し、同じ配列をもつ領域をまとめて整列させる作業をいう。
アミノ酸配列をさす。
ブラウザ (InternetExplorerやNetscapeなど) を通して使用できるプログラムのこと。プログラム自体はインターネット上のサーバーにあるので、自分のコンピューターにインストールしなくてよい。インターネットにつながったコンピューターからは、機種による違い (Windowsか、Machintoshかなど) を意識せずに使用することができる。
DNA及びRNAの塩基の並びを5'末端側から表示したもの。
情報処理のための操作のことで、四則演算 (＋−×÷) や、論理演算 (AND〔かつ〕、OR〔または〕、NOT〔含まない〕 などがある。論理演算子を用いることにより、より厳密な条件でデータベースを検索をすることが可能である。
プログラミングの分野ではこれら以外にも多くの演算子が定義され、用いられている。
データベースに対する処理要求を文字列として表したもの。（問い合わせ）ともよばれる。データの検索や更新、削除などの命令をシステムに発行するのに用いられる。検索クエリーでは、対象となるテーブルやデータの抽出条件、並べ方などを指定することが可能である。また、検索するアミノ酸配列、塩基配列やキーワードなどを単にクエリー配列と呼ぶこともある。
遺伝子 (gene) の集合体をさす。生物体を構成する細胞のDNAの総体をいう。タンパク質の集合体のことをプロオームという。
タンパク質のドメインにより構成される構造単位。一次配列はアミノ酸配列、二次構造はアミノ酸配列がつくる局所的な構造でαヘリックスやβシートなどがある。二次構造があつまってできた単位をドメインというが、そのあつまりを三次構造とよぶ。
酵素の触媒活性を発揮するための活性中心となるアミノ酸。
複数のアプリケーションソフトやユーザーによって共有される、系統的に整理・蓄積された情報（データ）の集合のことである。コンピューターによって沢山のデータを管理し、目的のデータを簡単に探し出すことの出来る仕組みとして数多くのデータベースが作成されている。
また、異なるデータベース間で関連する情報を参照しあい、より効率的に情報検索ができるような仕組みが一般的に用いられている。
既知の情報をもとにして、機能役割のわからない対象物の機能や役割を予想することで、バイオインフォマティックスでは既知のゲノム情報を使って機能の分からない遺伝子やタンパク質の機能を予測することをいう。
一本のペプチド鎖 (タンパク質) で二次構造及び超二次構造が集合し、ひとつの独立した構造を形成するときそれをドメインとよぶ。それぞれのドメインには固有の機能がある場合が多い。単純にタンパク質の三次構造をさすこともあるが、三次構造は複数のドメインからなる場合が多い。また分子系統分類では最上位に位置する分類群をドメインといい、Archaea、Bacteria、Eucaryaがある。
ペプチド鎖がある規則性をもって折りたたまれた構造。アミノ酸配列 (一次構造) によって規定され、代表的なものにαヘリックス構造などがある。
メニューから項目を選択する方式の一つで、選択項目の一覧が画面の上部から下部に向かって表示されるメニューのこと。逆に画面の下部から上部に向かって表示されるものは、「プルアップメニュー」と呼ぶ。一般にメニューバーの項目をクリックすると、プルダウンメニューが表示される。また、WindouwsやLinuxなどにおいて、デスクトップ画面を直接に右クリックしたときに現れる選択項目一覧の画面も、プルダウン（アップ）メニューである。
ゲノム解析の次に行われる研究をさす。塩基配列の解析技術の進歩により、様々な生物のゲノム情報が明らかにされた。この情報をもとに、有用遺伝子の取得やその機能解析、対象生物の生理学的特性などを調べる研究を総称してポストゲノム研究をいう。
相同性をさす。同一性 (identity) は一致性をさす。例えばアミノ酸配列間のホモロジー (相同性) をいう場合、同じ性質を持つアミノ酸 (グルタミン酸とアスパラギン酸など) はひとつのグループとして扱うが、同一性を考える場合は区別される。
複数のアライメント作業を行うこと。
1つのインターネットサービスにアクセスが集中すると、処理能力が落ちたり、回線が混雑したりしてサービスに支障をきたすことがある。そこで、同じ情報や機能を持ったサイトを複数作り、処理を分散させることにより問題を回避する手法がよく用いられる。。この情報や機能をコピーしたサイトがミラーサイトである。大量の遺伝子配列情報を扱うデータベースなども、コンピューターへの負荷が大きいため、世界中にミラーサイトが存在する。
アプリケーションソフトに表示される、実行したい機能を選択するためのバーのこと。メニューバーの項目をクリックすると、機能を選択するためのプルダウンメニューに選択項目の一覧がが表示される。逆にいえば、プルダウンメニューが表示されるものは、メニューバーである。ほとんどの場合、「ファイル」や「編集」、「ヘルプ」など基本的な項目と、各アプリケーションごとにいくつかの機能を担う項目が表示される。
超二次構造をとる配列をさす。αヘリックスやβシートなどの二次構造が集まるとさらに規則的な構造を形成し、特徴的な機能を持つ場合がある。例えばDNA結合能を有するタンパク質はヘリックス・ターン・ヘリックスの順に並ぶモチーフ配列が存在する場合が多い。
自分の使っているコンピューター、またはローカルネットワーク内のコンピューターの中のハードディスクのこと。ネットワーク上のサーバーやインターネット上の他のハードディスクと区別する必要がある場合に用いられる用語である。データやプログラムをインターネットからダウンロードする場合に、その受けてとなるハードディスクを指す。
遺伝子のアミノ酸配列や塩基配列などの書式のなかで、もっとも広く用いられている書式のひとつである。1行目はコメント行で1文字目に必ず'>'を入れ、それ以降にデータ名やコメントを記載する。
2行目以降が問い合わせ配列を入力する行で、アミノ酸配列もしくは塩基配列を記載する。2行目以降の配列は改行を入れて複数行に渡って書いて良い。
FTP (File Transfer Protocol) は、ネットワーク上のコンピューター間でデータやプログラムなどを転送するためのアプリケーションや手順（プロトコル）のことをいう。インターネットの普及により、プロトコルに関してあまり意識しなくてもアップロードやダウンロードなどの操作が簡単に行えるようになった。セキュリティーをより強化した規格やプログラムもある。
DNAの塩基配列のうち、同じ読み枠のなかで開始コドンから終止コドンまでの領域をさす。一本のDNAあたり、3通りの読み枠が存在するので、二本鎖では6通りの読み枠が考えられる。
ウェブツールなどでよくあるsubmitボタンは、入力したデータを確認してプログラムを実行するためのボタンで、OKボタンと同義である。またこれ以外にも、例えばDNA塩基配列のデータベースへの登録のように公式な団体に情報を登録することや、論文が専門雑誌に受理された場合などの用語としても用いられる。
データベースの中で見つかった配列。
スイスSIB (Swiss Institute of Bioinformatics) とEBI (European Bioinformatics Institute) が共同で管理しているアノテーションつきのアミノ酸配列データベースである。専門家の目を通したタンパク質の機能、ドメイン構造などの高水準のアノテーションを特徴としている。他のさまざまなデータベースにリンクが張られており、バージョンアップも頻繁になされている。